甲科技有限公司成立于2006年8月，注册资本100万元，由自然人A、B共同出资，持股比例为60%、40%。2013年12月，甲公司股东会通过决议，将A、B持有的股权全部转让给C自然人。三方协商，以2013年11月末，净资产500万元为基础确定股权价格，其中实收资本100万元、盈余公积40万元、未分配利润360万元，最终成交价格为420万元。当月办理了股权和工商登记变更，并由C代扣代缴个人所得税64万元。2015年1月，按增资协议和公司章程规定，甲公司发生下列股权交易：

   1.1月1日，D自然人向甲公司出资200万元人民币。其中50万元增加D的实收资本，持股比例10%；150万元增加资本公积。

   2.1月20日，将资本公积150万元转增资本。其中C、D按持股比例增加实收资本135万元、15万元。

   3.1月25日，将部分盈余公积50万元、未分配利润450万元转增资本，C、D分别增资450万元、50万元。

   C、D股东如何计算个人所得税，分析如下：第一项交易。按个人所得税法规定，D股东投入资本金200万元不需计算个人所得税。

   第二项交易。以资本溢价150万元转增资本是D投入的，按其持股比例计算的份额15万元，D自然人不需计算个人所得税。C用资本公积转增资本应计算个人所得税。《国家税务总局关于发布股权转让所得个人所得税管理办法（试行）的公告》（国家税务总局公告2014年第67号）规定，被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增资本，个人股东已依法缴纳个人所得税，以转增额和相关税费之和确认其新增股本的股权原值。该文件明确，被投资单位用资本公积转增自然人股东资本，应计算个人所得税，否则在转让时，不能扣除资本公积转增资本金额，还要补缴个人所得税。

   因此，C股东用资本溢价转增资本，应缴个人所得税＝135×20%＝27（万元）。

   第三项交易。按个人所得税法规定，C、D自然人将盈余公积和未分配利润转增资本，应计算个人所得税。对C自然人而言，应作具体分析。

   《国家税务总局关于个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2013年第23号）规定，1名或多名投资者以股权收购方式取得被收购企业100%股权，股权收购前，被收购企业账面金额中的“资本公积、盈余公积、未分配利润”等盈余积累未转增资本，而在股权交易时一并计入股权交易价格并履行所得税纳税义务。股权收购后，企业将原账面金额中的盈余积累向个人投资者（新股东）转增股本，有关个人所得税问题区分以下情形处理：

   1.新股东以不低于净资产价格收购股权的，企业原盈余积累已全部计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增资本的部分，不征收个人所得税。

   2.新股东以低于净资产价格收购股权的，企业原盈余积累中，对于股权收购价格减去原股本的金额部分已经计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增资本的部分，不征收个人所得税；对于股权收购价格低于原所有者权益的差额部分未计入股权交易价格，新股东取得盈余积累转增资本的部分，应按照“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。

   C股东从原A、B股东购入甲公司100%股权，以成交价格420万元扣减实收资本100万元的差额为320万元，即是盈余积累部分，已计入原交易价格，此次转增资本不用缴纳个人所得税。但按2013年11月末净资产计算的股权转让价格应为500万元，少确认股权交易价格80万元（500－420），即为盈余积累部分，未缴个人所得税。因此，C股东用这部分盈余积累转增资本时，应一并计算个人所得税＝（450－320）×20%＝26（万元）。

   D股东用盈余公积和未分配利润转增资本，应缴个人所得税＝50×20%＝10（万元）。

   综上所述，自然人股东C在2015年1月发生股权变动时机，应缴个人所得税＝27＋26＝53（万元）。自然人股东D应缴个人所得税10万元。